Little Witch in the Woods рассказывает историю начинающей ведьмы Элли, которая по окончании обучения в Школе ведьм отправляется в один из удалённых "Ведьминых домов". Там ей предстоит помогать жителям соседней деревушки, выполнять задания и на практике оттачивать ремесло, чтобы однажды стать полноценной ведьмой.